En Junio de 1879 las tropas del Ejército Argentino llegaron a la confluencia de los Ríos Limay y Neuquén (origen del Río Negro) y levantaron una fortificación militar a la que nombraron Fortín Confluencia. Meses más tarde se construye un nuevo fortín con el nombre de Fortín 1ra. División por estar bajo la jurisdicción de la Primera División del Ejército expedicionario del Río Negro.
Los documentos existentes señalan como fecha de fundación del fuerte en Setiembre de 1879 no obstante que a la llegada de las tropas en Junio de ese año, ya existía presencia militar en la zona.
De todos modos la presencia de los pueblos originarios data de muchos años antes los cuales son sometidos por la Campaña al Desierto, con la cual la presencia militar se aboca a la tarea de fomentar y acompañar la actividad agrícola/ganadera para que sirva de base al asentamiento de los colonos que formaran los nuevos pueblos en los territorios conquistados.
Uno de los generales del ejército fue Fernández Oro, quién se interesa por estas tierras y accede a funda la Colonia Lucinda, que con la llegada del ferrocarril y la inminente construcción del puente sobre el Río Neuquén hacen que la zona cobre un gran dinamismo.
Este hecho, decide a Fernández Oro a fraccionar su propiedad en lotes para la venta los cuales son adquiridos a partir de Octubre de 1903 fecha que se toma como referencia para conmemorar la fundación de lo que por entonces se dio en llamar Estación Limay de la Colonia Lucinda.
El nombre de Cipolletti le fue impuesto por ley en 1927 en memoria de quien en vida fuera el Ingeniero César Cipolletti, creador del sistema de riego de permitió el desarrollo del Alto Valle.
La estación de trenes fue construida a finales del siglo XIX a instancias de la compañía de capitales británicos Ferrocarril Sud y habilitada con el nombre de "Parada Limay".
La estación formaba parte de un ramal que fue inaugurado el 1ro de Agosto de 1899. De esta estación nace el empalme a Neuquén y además el ramal continúa hasta la estación Contralmirante Cordero (Barda del Medio) donde finaliza.
El 25 de Junio de 1910, la empresa británica “Ferrocarriles del Sud” habilita el ramal ferroviario de treinta kilómetros de extensión cuyo tendido iba por la margen izquierda del Río Neuquén.
Las obras del Dique Neuquén, luego llamado Dique Cordero y actualmente Dique Ing. Ballester, como también las del canal principal de riego, hizo necesaria la construcción de este ramal que permitiera el tránsito de un tren carguero que transportara los materiales, maquinarias, equipos y personal afectados a la construcción del mismo.
Este ramal se iniciaba en la Parada Limay -hoy Cipolletti-, en la zona conocida como El Triangulo ubicado a la altura del ex galpón de frutas de Porzio Siracusa y Cia, finalizando en el Km.1218 -actual Barda del Medio- donde se encontraba el emplazamiento del Dique Neuquén y punta de riel del ferrocarril.
En el año 1913 la empresa Ferrocarriles del Sud, publica las frecuencias y horarios con salida desde Cipolletti los días lunes, miércoles, viernes y sábados a las 10:20 hrs. arribando a la Estación Barda del Medio a las 12:45 hrs.
Las paradas coincidían con los kms. que había de distancia entre la ciudad de Buenos Aires (Km. 0) y cada uno de estas localidades, normativa utilizada por la compañía británica para identificar a cada parada que luego se transformaron en estaciones de tren.
El trayecto recorría las Parada Km. 1195 (estación Ferri), la Parada Km. 1210 (estación Cinco Saltos), la Parada Km. 1215 (estación El Quince) y la Parada Km. 1218 (estación Barda del Medio).
Para abastecer de carbón a las locomotoras se contaba con la mina de carbón Auca Mahuida ubicada en la Pcia.de Neuquén.
Por este ramal además de transportar materiales, maquinarias, equipos utilizados para la construcción del dique Neuquén, también se transportaba el pasto enfardado proveniente de Colonia Catriel, toda la hacienda que era destinada a la faena para consumo, el yeso de la empresa Castiglione y Pes, los productos químicos de Indupa S.A., siendo mayor el movimiento de la producción de peras y manzanas cultivadas en nuestra zona.
En tiempos de la antigua empresa estatal Ferrocarriles Argentinos, Cipolletti servía como parada intermedia para trenes de pasajeros como el "Estrella del Valle", con destino a Zapala, inaugurado en mayo de 1964.
En las décadas del 80 y 90, comenzó a mermar considerablemente el transito ferroviario en este ramal y en la actualidad lamentablemente se encuentra desactivado.
